Bonjour Anna,
Cette situation paraît en effet un peu improbable, des complications médicales étant bien là et avérées, il ne devrait pas y avoir de problème a être pris en charge en mi temps thérapeutique. Je pense qu'il s'agît plutôt là d'un problème de régularisation "administratif". Les médecins (en l'occurrence celui du crf) ne sont souvent à mon avis pas au courant de toutes ces conditions administratives liées a la reprise du travail.
Dans mon "parcours" de reprise du travail suite à mon accident je suis aussi passé par des phases de reprises a plein temps, puis en mi temps thérapeutique, puis re- a plein temps. Ce n'est pas évident a gérer pour l'employeur et la sécu et j'ai eu aussi affaire à des petits bugs administratifs mais qui ont toujours pu se régulariser par la suite.
Penses a lui dire d'aller voir le médecin du travail : c'est a priori le seul autorisé suite à un arrêt a donner son accord a une reprise en mi temps thérapeutique. Il y a aussi des assistantes sociales et des médecins a la sécu qui connaissent bien tous ces dossiers et ils pourront vous aider.
Donc à mon sens : pas de stress, voir le médecin du travail, l'assistante sociale de la sécu ou le médecin, en expliquant bien le "parcours", et tout devrait pouvoir se régulariser. En attendant, se soigner et être patient, j'ai aussi payé de ma personne de reprendre le boulot 5 mois après mon accident !